椰殼活性炭通常被認為是無定型炭。X射線衍射分析表面，椰殼活性炭結構中含有1-3nm的石墨微晶，所以又有人認為它屬于微晶類碳。除了碳之外，椰殼活性炭中還含有一些雜原子，形成含氧基團，對椰殼活性炭性質起了很重要作用。椰殼活性炭的氧化物成分也影響椰殼活性炭吸附。椰殼活性炭在高穩有氧條件下活化，在其表面會形成一些含氧基團，這些基團可分為酸性基團和堿性基團兩大類。高溫活化(800-900℃)容易形成堿性基團，低溫活化(300-500℃及以下)容易形成酸性基團。常見的酸性基團以羥基、內脂基為主，常見的酸性從團是含有氧萘結構的基團，基團的數量大約為0.1-0.5mmol/g。
椰殼活性炭表面含氧官能團對其吸附性能有影響。由于酸性官能團多共有極性，因此易對水中極性較強的化合物進行吸附，并妨礙對非極性物質的吸收，如芳香化合物、非極性烷鏈等。因為水中天然有機物多含有芳香環，所以不宜使用低溫活化的
椰殼活性炭進行吸附操作。椰殼活性炭使用失效后的再生也要注意不要形成膠性基團，長期貯存的椰殼活性炭由于空氣緩慢氧化而產生酸性基團，這也會降低其對水中天然有機物的吸附能力。
椰殼活性炭*主要的結構特征是它的孔結構，描述孔結構的指標是比表面積，孔徑，孔徑分布和孔容。
椰殼活性炭吸附所依賴的巨大比表面積主要是內部孔洞的表面。如果對孔的大小進行試分，則可以分為微孔、過渡孔(中孔)和大孔三種。按國際純粹化學和應用化學聯合會的規定，微孔是指孔直徑小于2nm的孔，中孔是指孔直徑為2-50nm的孔，大孔是指直徑大于50nm的孔。椰殼活性炭的孔徑結構好比一個城市內四通八達的交通網。大孔在椰殼活性炭結構中好比城市的主要干道，中孔好比區域性通道，而微孔則是城市的基層弄堂、巷道。因此，微孔結構是椰殼活性炭孔面積的主要來源。有人曾對
椰殼活性炭不同尺寸孔的面積及孔容進行測定，認為微孔面積要占椰殼活性炭比表面積的95%以上，所以椰殼活性炭的吸附能力主要是由微孔引起的。
